Olá Alexandre, tudo bem?
As vezes demora um pouco para o portal fazer a vinculação do pagamento. Mas vc pode verificar na DCTFWeb, na própria competência, a aba “Pagamentos” para confirmar se o DARF está vinculado ao débito. Se não estiver, consulte a Situação Fiscal no e-CAC para ver se essa competência aparece em cobrança. Nesses casos, é possível acessar a opção “Vincular Pagamento” para que a DCTFWeb reconheça o DARF já pago. Quando o pagamento é feito corretamente pelo DARF emitido na DCTFWeb, a baixa costuma ocorrer automaticamente.
Espero ter ajudado.