Olá Emanuelly, tudo bem?
Como a empresa ainda não possui informação oficial sobre a situação do empregado, o mais prudente é manter o contrato ativo e registrar as ausências como faltas injustificadas. Recomenda-se realizar e documentar tentativas de contato com o trabalhador e seus familiares para obter esclarecimentos. Somente após a confirmação da prisão e análise das circunstâncias específicas será possível definir eventual suspensão contratual.
Espero ter ajudado.