Olá Andressa, tudo bem?
O correto seria ter lançado o desconto do consignado na rescisão, respeitando o limite legal de desconto sobre as verbas rescisórias. Assim, parte da parcela seria quitada e o saldo remanescente passaria a ser cobrado diretamente do empregado pelo banco.
Como a rescisão já foi paga sem o desconto, a empresa não pode mais realizar cobrança posterior nem efetuar desconto fora da folha. Nesse caso, a orientação é informar o ex-empregado para entrar em contato com a instituição financeira e negociar o pagamento diretamente, evitando incidência de juros e encargos por atraso.
Espero ter ajudado.