Boa tarde, Paulo,
Entendo a situação, e é importante agir com cuidado porque aqui não se trata apenas de um ajuste contábil, mas também de uma questão contratual entre o funcionário e a instituição financeira.
O primeiro ponto a esclarecer é que o desconto do consignado está vinculado a um contrato de crédito firmado entre o empregado e o banco, com base na Lei 10.820/2003, que autoriza a empresa a atuar como responsável pelo desconto em folha e pelo repasse dos valores à instituição financeira. Quando esse desconto não é feito, o problema não fica restrito à folha de pagamento da empresa, ele afeta diretamente o contrato do empregado com o banco, já que a parcela de maio provavelmente ficou em aberto do ponto de vista da instituição financeira, mesmo que o motivo tenha sido uma falha da empresa e não do empregado.
Por isso, antes de simplesmente lançar a parcela atrasada junto com a de junho na folha, o ideal é entrar em contato com o banco ou a instituição consignataria para explicar o ocorrido. Isso é importante porque, dependendo do contrato, a ausência do repasse pode ter gerado encargos, como juros de mora ou até anotações de atraso, e esses custos não devem ser suportados pelo empregado, uma vez que a falha foi da empresa. Em geral, os bancos têm um canal específico para tratar essas divergências de repasse por parte do empregador consignante, e muitas vezes é possível regularizar a situação sem prejuízo para o trabalhador, inclusive com o estorno de eventuais encargos cobrados indevidamente dele.
Quanto à folha de pagamento, é preciso verificar se a soma da parcela de maio com a de junho, caso vocês decidam descontar as duas de uma vez, não excede o limite legal de comprometimento da remuneração para descontos consignados, que atualmente é de até 35% do salário, sendo 30% para empréstimos e financiamentos e 5% adicionais destinados a cartão de crédito consignado ou ao saque do cartão de benefício. Se o desconto conjunto ultrapassar esse limite, a empresa não pode simplesmente descontar o valor total, sendo necessário negociar com o banco uma forma de recomposição do saldo devedor, como o reparcelamento daquela parcela perdida ou a prorrogação do prazo do contrato.
Também é fundamental conversar diretamente com o funcionário antes de fazer qualquer desconto retroativo, explicando o que aconteceu e como a empresa pretende resolver. Isso evita mal-entendidos e reduz o risco de reclamação trabalhista relacionada a desconto indevido ou inesperado na folha, já que descontos não previstos ou não acordados previamente podem ser questionados com base no artigo 462 da CLT, que trata da proteção do salário contra descontos unilaterais.
Se a empresa optar por assumir o custo de eventuais juros ou encargos gerados pelo atraso no repasse, esse valor não deve, de forma alguma, ser debitado do empregado, pois o erro foi operacional e interno. O procedimento mais seguro, então, é regularizar primeiro a pendência com a instituição financeira, alinhar com ela a melhor forma de reposição da parcela de maio, seja via reparcelamento, seja via desconto único respeitando o limite de 35%, e só depois lançar esse ajuste na folha de junho, deixando claro no recibo de pagamento a natureza do desconto, para que o empregado tenha total transparência sobre o que está sendo cobrado e por quê.