Olá Jhennifer, tudo bem?
No eSocial, cada estabelecimento possui seus próprios eventos. Admissões, desligamentos, remunerações e pagamentos são informados de acordo com a matriz ou filial à qual o trabalhador está vinculado. O fechamento da folha (S-1299), por sua vez, é transmitido apenas pela matriz, consolidando as informações de todos os estabelecimentos.
As guias de FGTS Digital e de INSS (DCTFWeb/DARF Previdenciário) também são consolidadas, ou seja, é gerada uma única guia considerando os valores da matriz e de todas as filiais.
O principal cuidado é manter os empregados vinculados ao estabelecimento correto e observar possíveis diferenças de enquadramento sindical entre as atividades.
Espero ter ajudado.