Olá Shyrlamara, tudo bem?
Sim, a empresa pode passar a considerar a CPP paga no DAS no cálculo do Fator R a partir de agora, não há impedimento para isso.
Quanto a recalcular períodos anteriores, isso não é obrigatório. A análise é mais financeira do que técnica.
O ideal é montar uma planilha comparativa, recalculando o Fator R dos meses/anos anteriores com e sem a CPP, para verificar:
se a empresa teria migrado de anexo;
se haveria redução relevante de carga tributária;
se o valor recuperável compensa o retrabalho, possíveis retificações e riscos.
Se a diferença for pequena, normalmente não compensa refazer. Se houver impacto relevante, aí sim vale avaliar a revisão dos períodos anteriores.
Espero ter ajudado.