Olá Gustavo, tudo bem?
Pelo que tenho acompanhado, a regularização deve ser iniciada junto ao FGTS Digital, pois é ele quem recebe as informações do eSocial e gera a guia com a identificação da instituição consignatária. Recomendo abrir um chamado formal no FGTS Digital, apresentando os comprovantes de recolhimento e detalhando a divergência do código da instituição financeira. Dependendo do caso, pode ser necessária uma análise para reapropriação do valor ou orientação sobre eventual retificação das informações prestadas. Também é aconselhável que o trabalhador entre em contato com o banco credor para verificar se o contrato está sendo considerado em aberto. Como o Crédito do Trabalhador é relativamente recente, ainda há poucos relatos de casos semelhantes e os prazos de solução podem variar conforme a análise dos órgãos envolvidos.
Espero ter ajudado.