Olá Ana, tudo bem?
Depende da situação, mas no geral, sim, vai gerar encargos.
Se o empregado saiu em 2021, mas só será formalmente desligado agora com data de 20/04, o sistema vai entender que o vínculo permaneceu ativo até essa data, gerando encargos como INSS, FGTS e possíveis multas por atraso nas obrigações acessórias.
Por isso, é fundamental entender o motivo de não ter ocorrido o desligamento na época. Por exemplo, ele estava afastado por doença ou houve apenas falta de formalização da rescisão? Dependendo do caso, pode ser necessário fazer ajustes retroativos ou avaliar os riscos trabalhistas antes de prosseguir.
Espero ter ajudado.