Olá Marcus, tudo bem?
A empregada gestante tem estabilidade desde a confirmação da gravidez até 5 meses após o parto, ainda que o empregador não soubesse da gestação. Assim, a mudança da empresa de cidade não autoriza a dispensa sem o pagamento da indenização de todo o período de estabilidade.
Também não é possível transferi-la para outra loja, a menos que seja entre matriz e filial ou em grupo econômico já caracterizado. CNPJs distintos são empresas diferentes, o que configuraria nova contratação.
Mesmo que o empregador abra um novo CNPJ em seu nome, isso não o torna filial. E, se houver aquisição da outra loja com manutenção da atividade, pode caracterizar sucessão empresarial, mantendo a responsabilidade pela empregada e sua estabilidade.
Caso opte por demitir, o empregador deve pagar integralmente, na rescisão, a indenização de todo o período da estabilidade, não sendo válido parcelar como se fosse salário.
Espero ter ajudado.
