Olá Jéssica, tudo bem?
Quando há divergência entre o informe de rendimentos da empresa e a declaração pré-preenchida, o ideal não é escolher automaticamente um ou outro, mas sim verificar qual informação está correta.
A declaração pré-preenchida é alimentada com base nas informações enviadas à Receita Federal (como eSocial, DIRF/equivalentes). Por isso, na maioria dos casos, ela reflete o que efetivamente foi declarado pela fonte pagadora ao fisco.
Se o colaborador declarou conforme o informe e caiu em malha fina, é um indicativo de que a empresa pode ter transmitido valores diferentes à Receita.
Nesse caso, o mais seguro é:
Conferir holerites e valores recebidos no ano;
Validar com a empresa se o informe está correto ou se precisa de retificação;
Se a empresa confirmar erro, solicitar um novo informe corrigido;
Se não houver correção, considerar os dados que constam na base da Receita (pré-preenchida), para evitar inconsistências.
Espero ter ajudado.