Olá Elaine, tudo bem?
Nesse caso a divergência não é erro do funcionário.
Se a empresa informou na DIRF rendimentos com IRRF, significa que o imposto foi retido do empregado. Mesmo não tendo sido recolhido na época, a responsabilidade pelo pagamento é exclusivamente da fonte pagadora. O trabalhador não pode ser prejudicado por isso.
Como o débito já foi parcelado, a declaração do funcionário não deve ser retificada, ele deve manter exatamente os valores do informe de rendimentos.
O que precisa ser feito é apenas justificar para a Receita Federal: abrir um processo no e-CAC (Malha Fiscal da Pessoa Física / Atendimento), informar que o IRRF foi retido e declarado pela empresa, porém não recolhido à época, anexando o informe de rendimentos e, se possível, comprovante do parcelamento.
Após a análise, a Receita costuma liberar a pendência, pois a obrigação de recolher é da empresa e não do contribuinte.
Espero ter ajudado.