Bom dia, Larissa,
Essa é realmente uma situação que gera muita confusão na prática, mas o raciocínio jurídico para resolver é mais simples do que parece, e a resposta passa por dois pontos centrais que vou explicar com calma.
O primeiro ponto é que o enquadramento sindical no Brasil não é feito por cargo ou função do empregado, e sim pela atividade econômica preponderante da empresa como um todo. Isso está previsto no artigo 581, parágrafo segundo, da CLT, e é reforçado pelo princípio da unicidade sindical do artigo 8º, inciso II, da Constituição Federal. Na prática isso significa que não existe a possibilidade de o atendente seguir uma convenção coletiva e o cozinheiro seguir outra, dentro da mesma empresa e do mesmo estabelecimento, exceto quando se trata de categoria profissional diferenciada, que é aquela regulada por estatuto próprio e prevista no quadro anexo ao artigo 577 da CLT, como é o caso de motoristas, radialistas, artistas, entre outros. Cozinheiro não é categoria diferenciada, então ele segue exatamente o mesmo sindicato patronal que rege toda a empresa, seja ele qual for.
O segundo ponto, que é o que realmente resolve a sua dúvida, é entender que a atividade preponderante da empresa não é definida automaticamente pelo CNAE principal informado no CNPJ junto à Receita Federal. O CNAE principal é um forte indício e costuma ser usado como presunção, mas ele não é uma verdade absoluta e pode ser afastado quando a realidade fática da operação demonstrar que a atividade efetivamente exercida em maior proporção é outra. A jurisprudência trabalhista, inclusive do TST, é firme no sentido de que o enquadramento sindical deve refletir a atividade realmente preponderante da empresa, apurada pela essência do negócio, e não simplesmente pelo código cadastrado.
Olhando para o seu caso concreto, isso muda bastante o panorama. Você tem uma sorveteria e açaiteria com consumo no local, com estrutura de cozinha interna e montagem de lanches. Isso caracteriza, na essência, uma atividade de fornecimento de alimentação preparada para consumo, que é exatamente o que descreve o CNAE secundário 56.11-2-03, de lanchonetes, casas de chá, de sucos e similares. Quando o negócio envolve preparo de alimentos, manipulação em cozinha e consumo no próprio estabelecimento, a tendência natural, tanto na doutrina quanto na fiscalização do trabalho, é reconhecer essa atividade como equivalente à de um bar, lanchonete ou restaurante, ainda que o CNAE principal registrado seja de comércio varejista.
Isso quer dizer que, dependendo de como a operação realmente funciona no dia a dia, existe um argumento consistente para enquadrar a empresa inteira, e não apenas o cozinheiro, no sindicato patronal de alimentação, ou seja, SindRio em conjunto com o SindiRefeições. Esse enquadramento tende a trazer mais segurança jurídica justamente porque reflete com fidelidade a atividade que a empresa exerce na prática, com cozinha estruturada e consumo local, algo que o sindicato do comércio simplesmente não contempla em sua convenção coletiva, já que ela foi pensada para atividades de venda de mercadorias, sem previsão de funções como cozinheiro, auxiliar de cozinha, ou cláusulas específicas de manipulação de alimentos, adicional de insalubridade ligado a cozinha, entre outras.
Para decidir com mais segurança entre as duas opções, o critério prático que costuma ser usado é observar de onde vem a maior parte da receita e da força de trabalho da empresa. Se a operação depende fortemente da estrutura de cozinha e do consumo no local, com o atendimento e o preparo de lanches sendo o núcleo da atividade, isso reforça o enquadramento em alimentação. Se, por outro lado, a maior parte do movimento fosse de venda de produtos para levar, como sorvetes e doces embalados, sem consumo estruturado no local, aí sim o enquadramento no comércio varejista faria mais sentido para toda a empresa. Pelo que você descreveu, com sorveteria e açaiteria com consumo no local e lanches, o cenário pende mais para o lado da alimentação.
Na prática de mercado, a recomendação mais segura é justamente evitar o enquadramento misto, e decidir pela convenção coletiva que melhor reflete a atividade real e preponderante do negócio, aplicando ela a todos os empregados, incluindo o atendente. Se a análise interna da empresa concluir que a atividade de alimentação é de fato preponderante, o caminho mais seguro do ponto de vista trabalhista é seguir SindRio e SindiRefeições para toda a folha, e não apenas para o cozinheiro, já que registrar parte dos empregados em uma convenção e parte em outra é o que efetivamente gera risco de autuação e de ações trabalhistas, por violar o princípio da unicidade.
Também vale considerar, como medida complementar de segurança, ajustar o CNAE principal perante a Receita Federal para que ele reflita com mais precisão a atividade preponderante real, no caso o CNAE de lanchonetes e similares, o que ajuda a alinhar o enquadramento sindical, o enquadramento tributário e a própria defesa da empresa caso haja questionamento futuro por parte do sindicato do comércio ou da fiscalização do trabalho. Recomenda-se ainda documentar internamente essa análise, com uma breve justificativa da atividade preponderante considerada, para servir de respaldo caso a empresa seja questionada por qualquer um dos dois sindicatos envolvidos.