Olá Ana Clara, tudo bem?
O critério principal é identificar quem efetivamente explora a atividade rural e se beneficia da prestação dos serviços dos empregados.
Se a atividade rural é exercida pela pessoa física do produtor, com comercialização da produção e gestão da atividade em seu nome, o registro dos empregados normalmente deve ser feito no CAEPF da pessoa física.
Por outro lado, se a exploração da atividade foi transferida para a Holding Rural, sendo ela a responsável pela atividade econômica, receitas, despesas, emissão de documentos fiscais e administração da fazenda, os empregados devem ser registrados no CNPJ da holding.
Portanto, a definição não depende apenas da existência da holding, mas de quem é o verdadeiro empregador na prática. É importante que o registro dos trabalhadores esteja alinhado com a forma como a atividade rural é efetivamente exercida e documentada.
Espero ter ajudado