Olá Isabela, tudo bem?
A empresa, quando faz o pedido de regularização de obra, deverá indicar se é por contabilidade regular ou aferição. Se informar que é contabilidade regular, a contribuição será sobre a folha, mensalmente. Mas, se informar que não tem contabilidade regular, a RFB vai escolher a forma de aferição, e ela fará o cálculo. A empresa deverá informar apenas os custos que teve com mão de obra, autônomos, MEIs. Qual a opção foi realizada?
Espero ajudar.