Olá André, tudo bem?
De forma geral, sim, os sistemas de folha de pagamento costumam ser integrados ao eSocial e fazem o envio dos eventos (admissão, folha, afastamentos, etc.).
Na maioria dos casos você consegue operar tudo pelo próprio sistema de folha, sem precisar acessar o portal do eSocial. Porém, o acesso ao portal continua existindo e pode ser necessário para consultas, conferências ou ajustes específicos.
Nem sempre é totalmente automático.
Alguns sistemas exigem que você gere e envie os eventos manualmente;
Outros, mais modernos, fazem o envio automaticamente ao salvar ou fechar a folha.
Por isso, é muito importante verificar com o suporte do sistema como funciona a integração (se é automática ou depende de comando) e sempre conferir se os eventos foram enviados e processados corretamente no e-Social.
Espero ter ajudado.