Olá Fernanda, tudo bem?
A princípio, não deve gerar problema, pois a empresa tinha apenas pró-labore e não possuía empregados. Como a empresa foi baixada regularmente, o encerramento das obrigações ocorre na data da baixa. O cuidado fica apenas em confirmar se a DCTFWeb e o INSS do pró-labore foram entregues/recolhidos até essa data. Estando isso em dia, o risco de questionamento futuro é mínimo.
Espero ter ajudado.