Olá Francinaldo, tudo bem?
O correto é provisionar o desconto do empréstimo no recibo de férias, pois a responsabilidade pelo repasse das parcelas à instituição financeira é da empresa. Se as férias foram de 30 dias, o empregado não terá saldo de salário no mês para realizar esse desconto. Minha orientação é refazer o recibo de férias com a provisão do empréstimo e, como o valor das férias já foi pago, fazer um acordo com o empregado sobre a forma de devolver esse valor à empresa, sempre observando os limites legais para descontos em folha.
Espero ter ajudado