Olá Paulo, tudo bem?
Sim, o ideal é aguardar a Certidão de Óbito, pois a data da rescisão será exatamente a data do falecimento. Depois disso, faz a baixa como falecimento do empregado.
O pagamento deve ser feito prioritariamente aos dependentes habilitados no INSS. Esses dependentes podem comprovar essa condição por meio de declaração/certidão do INSS, e nesse caso o pagamento pode ser feito diretamente, sem inventário.
Se não houver dependentes habilitados no INSS, ou se houver qualquer dúvida ou conflito entre possíveis beneficiários, o mais seguro é exigir Alvará Judicial antes de pagar.
Espero ter ajudado.