Olá Drielly, tudo bem?
Por se tratar de Empresa Individual, com o falecimento do titular a empresa deixa de existir juridicamente, salvo se os herdeiros optassem pela continuidade das atividades, o que não parece ser o caso. Assim, os empregados que permanecem trabalhando normalmente deverão ser desligados. A Justiça do Trabalho entende que, na morte do empregador pessoa física com encerramento das atividades, a rescisão equivale à dispensa sem justa causa por extinção do estabelecimento, sendo devidas todas as verbas rescisórias: saldo de salário, 13º proporcional, férias vencidas e/ou proporcionais acrescidas de 1/3, aviso prévio indenizado e multa de 40% do FGTS, cujo pagamento é de responsabilidade do espólio.
Quanto ao empregado afastado pelo INSS, ele não pode ser demitido neste momento. Durante o recebimento de benefício por incapacidade o contrato de trabalho permanece suspenso (Art. 476 da CLT), e nesse período não é possível rescindir o vínculo nem conceder aviso prévio, ainda que tenha ocorrido o falecimento do empregador. Dessa forma, o contrato deverá permanecer ativo no eSocial, mesmo que a empresa esteja em processo de baixa. A rescisão somente poderá ser realizada quando houver alta do INSS e o empregado for considerado apto no exame de retorno ao trabalho, devendo o espólio/herdeiros reservar o valor para pagamento futuro. Caso o benefício seja convertido em aposentadoria por incapacidade permanente, o contrato permanecerá suspenso por prazo indeterminado. Base Legal Art. 483, § 2º da CLT e Instrução Normativa RFB nº 2119/2022: Regula a baixa de CNPJ por óbito do titular.
Na prática, deve-se rescindir apenas os empregados ativos com aviso prévio indenizado na data do falecimento ou encerramento das atividades, manter o empregado afastado no sistema até a alta médica e orientar o inventariante sobre a existência dessa obrigação trabalhista futura, além de verificar a disponibilidade de saldo de FGTS para pagamento das multas, pois após a regularização do CPF do falecido pode ser necessário alvará judicial para movimentação.
Espero ter ajudado.