Olá Fabíola, tudo bem?
O desconto deve ser feito apenas pelo dia de falta, incluindo o DSR correspondente. Na jornada compensatória, o empregado ajusta suas horas de segunda a sexta para não trabalhar aos sábados. Se faltar em um dia, ele não cumpriu a carga horária daquele dia, portanto, o desconto incide sobre o dia de falta mais o DSR que seria referente a ele.
Espero ter ajudado.