Olá Larissa, tudo bem?
As férias devem ser tratadas pelo regime de competência, independentemente de terem sido pagas integralmente em março. No caso apresentado, o correto é ter na folha de pagamento 5 dias de férias em março (27/03 a 31/03) e os demais 26 dias em abril, apenas verba informativa, pois o pagamento já foi feito.
Assim, o holerite de março deve demonstrar o salário proporcional aos dias trabalhados + férias proporcionais aos dias gozados no mês, e não os 30 dias integrais de férias. Embora o sistema permita diferentes parametrizações de exibição, o ideal é que o demonstrativo reflita a realidade da competência, evitando inconsistências nas bases de encargos.
Em relação à pensão alimentícia, é fundamental verificar o que determina a decisão judicial, pois, em regra, ela incide também sobre as férias; sendo assim, o desconto deveria ser realizado no recibo de férias (pagamento antecipado) e não concentrado no contracheque mensal, evitando falta de saldo ou divergências no cumprimento da obrigação.
Espero ter ajudado.