Olá Giovanna, tudo bem?
Não pode ser feito acordo individual para desconto futuro desses dias nas férias do empregado, pois férias não podem ser antecipadas ou compensadas informalmente.
Quando a empresa vai fechar por decisão dos sócios (recesso), a forma correta e prevista na CLT é a concessão de férias coletivas (art. 139 da CLT).
As férias coletivas podem ser concedidas inclusive para empregados que ainda não tem período aquisitivo completos, com lançamento da licença remunerada, sem qualquer irregularidade.
Segue link da aula com maiores informações sobre o tema: https://alunos.contabilidadefacilitada.com/137981-departamento-pessoal-na-pratica/3227772-ferias-coletivas
Espero ter ajudado.