Olá Andressa, tudo bem?
A empresa deve entrar em contato com a instituição financeira responsável pelo empréstimo consignado do trabalhador e solicitar que o banco refaça o cálculo do valor devido (incluindo multas e juros pelo atraso). O banco emitirá uma guia específica para que a empresa quite o valor recalculado.
Não é responsabilidade do funcionário e sim da empresa.
Espero ter ajudado.