Olá Fernanda, tudo bem?
Atualmente, o MEI consegue acessar o FGTS Digital e o e-CAC diretamente pelo site do governo, alterando o perfil de acesso para o CNPJ, sem precisar de certificado digital.
O certificado digital só seria necessário em casos específicos, como para emitir extratos do FGTS do funcionário no conectividade social em rescisões ou quando algum serviço exigir assinatura digital segura.
Espero ter ajudado.