Olá André, tudo bem?
No Departamento Pessoal, o fato de a empresa ser do Lucro Presumido não traz grandes particularidades em relação à rotina trabalhista. As principais obrigações continuam sendo folha de pagamento, eSocial, FGTS Digital, DCTFWeb, férias, rescisões etc.
O que merece mais atenção é a tributação da folha, pois no Lucro Presumido normalmente há incidência da contribuição previdenciária patronal de 20%, além do RAT e das contribuições para terceiros, salvo situações específicas.
Também recomendo verificar o enquadramento sindical da empresa, pois a convenção coletiva pode estabelecer pisos salariais, benefícios, adicionais e outras regras que impactam diretamente a folha de pagamento.
Se atualmente há apenas pró-labore de sócio, a rotina tende a ser bem simples. O principal é garantir a correta tributação do pró-labore e o cumprimento das obrigações acessórias.
Espero ter ajudado