Olá Steffanne, tudo bem?
No e-Social, no fechamento da folha do 13º, você informa como vencimento apenas a 2ª parcela, que é o valor integral do 13º. Já a 1ª parcela não entra como vencimento novamente, ela aparece apenas como desconto da antecipação já paga. Não é necessário criar uma rubrica separada como vencimento para a 1ª parcela, apenas manter a rubrica de desconto correspondente à antecipação.
Segue o exemplo:

Espero ter ajudado.