Olá Luana.
Se o vínculo duplicado não deveria existir, é preciso excluí-lo por meio do evento S-3000. Caso o vínculo errado tenha sido ativado indevidamente, ele deve ser encerrado com o evento S-2299, informando a data correta de desligamento. Já o vínculo válido deve conter o evento de desligamento S-2299 transmitido corretamente, com todas as informações exigidas, como data de demissão, motivo da rescisão, aviso prévio e dados do FGTS e seguro-desemprego.
Após a correção, é necessário aguardar o processamento do eSocial e verificar se o desligamento foi reconhecido pelo sistema do Ministério do Trabalho. O trabalhador pode então tentar novamente solicitar o seguro-desemprego pelo portal Emprega Brasil ou pelo aplicativo da Carteira de Trabalho Digital. Se o problema persistir, o ideal é entrar em contato com uma unidade do SINE ou do Ministério do Trabalho.
Espero ter ajudado