Ola Edivane, tudo bem?
Nesse caso, o mais prudente é a empresa primeiro formalizar as tentativas de contato com o empregado. O ideal é enviar uma notificação (preferencialmente por carta com AR) solicitando que ele retorne ao trabalho ou apresente justificativa para as faltas dentro de determinado prazo.
Caso o empregado não se manifeste e a empresa não queira caracterizar abandono de emprego, é possível realizar a dispensa sem justa causa, calculando normalmente as verbas rescisórias (saldo de salário, férias + 1/3 vencidas e proporcionais, 13º proporcional, aviso-prévio, liberação do FGTS com multa de 40%, etc.).
O fato de o empregado não responder mensagens ou não retornar para a cidade da obra não impede o desligamento. Nesse caso, a empresa pode comunicar a rescisão e deixar as verbas rescisórias disponíveis para pagamento dentro do prazo legal.
Quanto a penalização, em regra a empresa não sofre penalidade se cumprir os prazos da rescisão e comprovar que tentou contato com o empregado. O importante é manter registros dessas tentativas (mensagens, carta, e-mail etc.) para eventual comprovação futura.
Espero ter ajudado.