Olá Anderson, tudo bem?
Se a GPS foi emitida com o código correto, competência correta e o pagamento realmente foi efetuado, o procedimento não é tentar compensar nem pagar novamente.
O correto é abrir um processo digital no e-CAC (e-Processo) solicitando a vinculação/alocação do pagamento para baixa manual do débito.
No pedido, deve ser anexado:
Comprovante de pagamento da GPS;
Cópia da GPS emitida;
Relatório da situação fiscal demonstrando o débito em aberto;
Explicação solicitando a vinculação do pagamento ao débito da competência.
A Receita faz a conferência e realiza a baixa manualmente.
Espero ter ajudado.