Olá Viviane
O contrato de trabalho por hora é plenamente válido, desde que conste expressamente no contrato individual de trabalho a jornada e o valor da hora.
Assim, se ele foi contratado para 42 horas semanais, mas trabalhou menos, o pagamento deve ser feito proporcional às horas efetivamente trabalhadas, desde que não haja cláusula garantindo o pagamento fixo da jornada contratada.
Se o funcionário fosse mensalista, a empresa teria de pagar o mês integral, ainda que o empregado faltasse, descontando apenas as faltas não justificadas e atrasos apurados no ponto. Mas como no seu caso ele é horista, aplica-se a regra da proporcionalidade.
Espero ter ajudado.