Olá, @Vanita De Jesus Dos Santos Sena!
Durante o período de licença-maternidade, o valor pago à empregada tem natureza de salário-maternidade, que é um benefício previdenciário. Embora seja pago pela empresa na folha, o custo não é da empresa, e sim da Previdência Social.
No caso do 13º salário proporcional ao período de licença, a regra é a mesma:
A empresa calcula e paga o 13º normalmente à empregada.
A parte correspondente ao período em licença-maternidade pode ser compensada.
Essa compensação é feita por meio da DCTFWeb, onde a empresa deduz o valor do salário-maternidade (inclusive a fração do 13º) das contribuições previdenciárias devidas.
Portanto, não se trata de pedir reembolso direto (como um processo administrativo), mas sim de compensar os valores na própria apuração previdenciária. Caso o valor a compensar seja maior que os débitos, é possível aproveitar o saldo em competências futuras ou solicitar restituição.
Espero ter ajudado!
Att.,
Mariana Pimentel