Olá Volney, tudo bem?
Para a sócia contribuinte individual em licença-maternidade, deve ser enviado o evento de afastamento (S-2230) ao eSocial.
Quanto à folha de pagamento, o tratamento pode variar conforme o sistema utilizado, mas, em regra, como o salário-maternidade da contribuinte individual é pago diretamente pelo INSS, não há pagamento desse benefício pela empresa. Assim, não há incidência de encargos sobre pró-labore durante o período de afastamento.
Recomendo verificar o comportamento do seu sistema de folha, pois alguns exigem rubrica específica de salário-maternidade pago pelo INSS para fins informativos, enquanto outros aceitam apenas o registro do afastamento sem remuneração no período.
Espero ter ajudado.