Olá Luiz, tudo bem?
Isso ocorreu porque, ao sair do MEI, o e-Social bloqueia definitivamente o módulo simplificado para esse CNPJ.
Não adianta alterar vigência nem classificação tributária: a partir do desenquadramento, a folha passa a ser obrigatoriamente feita no e-Social Web (módulo geral).
Sobre as rubricas de falta e vale-transporte não aparecerem: no MEI elas eram automáticas. No módulo geral, você precisa criar corretamente na Tabela de Rubricas (S-1010) e depois reabrir a folha para que fiquem disponíveis. Sem reabrir, as rubricas não aparecem para uso no S-1200.
Espero ter ajudado.