Olá Patrícia, tudo bem?
Sim, pode baixar o CNPJ antes de solicitar o seguro-desemprego sem prejudicar o direito.
O que impede o recebimento do seguro não é apenas ter empresa aberta, e sim possuir renda própria ativa. Se o MEI já estava desenquadrado desde 2023 e a pessoa tinha como renda apenas o emprego CLT do qual foi demitida em 20/01/2026, ela continua tendo direito ao benefício.
Inclusive, fazer a baixa antes do requerimento costuma evitar exigências ou bloqueios na análise.
Espero ter ajudado.