Olá Flávio, tudo bem?
As guias pagas pelo sistema simplificado do MEI não são aproveitadas automaticamente, porque a empresa deixa de recolher como MEI e passa a recolher como empresa normal.
Você poderá aproveitá-las fazendo um PER/DCOMP Web, solicitando compensação ou restituição desses valores pagos.
Sobre o FGTS Digital aparecer sem guias para gerar, isso geralmente acontece quando o e-Social ainda não recebeu todos os eventos com o novo enquadramento.
Verifique se foram reenviados após o desenquadramento:
S-1000 (alterando o enquadramento);
S-1005 (estabelecimento);
S-1200 / S-1210 ( Remuneração e Pagamento);
S-1299 (Fechamento).
Sem esses eventos reenviados, o FGTS Digital não calcula guia.
Espero ter ajudado.