Olá Vanita, tudo bem?
Sim, nesse caso a expressão está se referindo à parte do empregado (o desconto no holerite). Quando o afastamento por auxílio-doença ultrapassa 15 dias, do 1º ao 15º dia o pagamento é feito pela empresa, caracteriza salário normalmente e há desconto de INSS do empregado e também o recolhimento patronal; já a partir do 16º dia o pagamento passa a ser benefício previdenciário pago pelo INSS, deixa de existir remuneração em folha e, por isso, não há desconto de INSS do empregado nem recolhimento patronal. Ou seja, após o 15º dia não há desconto de INSS no holerite do trabalhador, pois não há remuneração.
Espero ter ajudado.