Olá Dandara, tudo bem?
A situação apresentada é irregular e traz risco trabalhista relevante.
Se os vendedores são registrados e recebem comissão pelas vendas, essa verba tem natureza salarial e deve ser informada na folha, conforme a Consolidação das Leis do Trabalho. O pagamento “por fora” pode gerar reflexos em férias, 13º, FGTS, DSR e autuações.
Sobre as alternativas:
Vale alimentação: não pode substituir comissão. Se utilizado dessa forma, perde a natureza indenizatória (mesmo no Programa de Alimentação do Trabalhador) e passa a ser considerado salário.
PLR: também não é aplicável nesse caso. A Lei nº 10.101/2000 exige acordo prévio, metas e pagamento eventual (não mensal).
Comissão não pode ser “transformada” em PLR.
A forma correta é incluir as comissões na folha de pagamento, com incidência dos encargos e reflexos legais.
Como alternativa para organização e possível redução de impacto, a empresa pode estruturar uma remuneração mista (fixo + comissão formal) e, se desejar, adotar prêmios eventuais (sem habitualidade), desde que respeitados os critérios legais.
Não há forma segura de pagar comissão fora da folha sem risco, o ideal é regularizar.
Espero ter ajudado.