Olá Natalia, tudo bem?
Diarista é aquele que trabalha no máximo até 2 dias por semana, sem habitualidade, e não há vínculo empregatício.
Se ele é chamado de “diarista” apenas porque recebe por diária, mas trabalha de forma contínua, todos os dias ou com habitualidade, então há vínculo empregatício, e o correto é registrar.
Nesse caso, ele passa a ter direito a INSS, FGTS e todos os encargos e direitos trabalhistas, e não faz sentido continuar pagando GPS como autônomo, pois a contribuição deve ocorrer pela folha de pagamento.
O que define a situação não é a forma de pagamento, e sim a habitualidade e a subordinação do trabalho.
Espero ter ajudado.