Olá Diego, tudo bem?
Você deve registrar o horário real de trabalho, informando também o horário de intervalo e as folgas, para que o sistema calcule a jornada líquida corretamente. O intervalo intrajornada não é considerado tempo de trabalho, então, mesmo que o período entre a entrada e a saída pareça ultrapassar 44 horas semanais, o que vale é a jornada após o desconto do intervalo. Se, ainda assim, o sistema continuar computando acima de 44 horas mesmo com os horários lançados corretamente, o ideal é entrar em contato com o suporte do sistema para que verifiquem essa parametrização.
Espero ter ajudado.