Olá Francinaldo, tudo bem?
O abono foi calculado com base nas informações existentes na data do cruzamento de dados do governo. Como o CPF estava irregular naquele momento, o trabalhador ficou como não habilitado.
Mesmo após regularizar o CPF, o sistema não reabre o lote daquele calendário. O que acontece é que no próximo processamento anual, com o CPF já regular, ele passa a constar como habilitado e o benefício é liberado automaticamente.
Ou seja, ele não perde o direito, apenas não recebeu neste calendário e tende a receber no próximo.
Para maiores detalhes, ele também pode entrar em contato pelo telefone 158 (Alô Trabalho).
Espero ter ajudado.