Olá Rute, tudo bem?
Toda contratação deveria ter sido registrada, então é sempre importante orientar o cliente a formalizar para evitar problemas.
Como a funcionária já foi dispensada e trabalhou por 3 meses sem registro, o ideal é fazer um acerto considerando como se fosse um vínculo CLT, para reduzir riscos.
Nesse caso, devem ser pagos:
- salários dos meses trabalhados (se ainda houver saldo remanescente)
- 13º salário proporcional
férias proporcionais + 1/3
- FGTS de todo o período + multa de 40%
se não houve aviso prévio, considerar também o aviso prévio indenizado proporcional
Para formalizar o pagamento, o ideal é fazer um recibo de quitação/termo de rescisão, detalhando todas as verbas pagas e colher a assinatura da funcionária.
Lembrando que mesmo fazendo isso, ainda existe risco de a funcionária reclamar direitos na Justiça.
Espero ter ajudado.