Olá Elaine, tudo bem?
Não há problema em variar o valor do pró-labore mensalmente, pois ele não segue as regras da CLT.
Porém, é importante que exista uma certa coerência, principalmente se o sócio exerce atividade na empresa, para evitar questionamentos do Fisco.
Quanto a retirar pró-labore apenas em alguns meses do ano, isso até pode ser feito, mas não é o mais recomendado quando o sócio atua na empresa, pois pode ser interpretado como tentativa de reduzir encargos previdenciários.
O ideal é manter uma retirada mínima mensal compatível com a atividade exercida.
Espero ter ajudado.