Olá, boa noite!
Sim, você pode alterar de acordo com a necessidade, sem problemas.
A grande questão, é que o cálculo para o fator R, utiliza os 12 meses anteriores, e não o mês atual isolado. Por isso é importante manter uma média.
Vale lembrar, que ao aumentar o pró-labore, terá o aumento da guia de INSS, e do IR, se o valor estiver acima do limite de isenção.
Quanto ao período para fazer, vai depender do seu dia a dia atendendo este cliente.
Espero ter ajudado.