Olá André, tudo bem?
A empresa tomadora do serviço não recolhe INSS patronal (20%) sobre o valor pago à prestadora. Esse patronal é sempre obrigação da empresa que presta o serviço, sobre a folha dela.
No caso de vocês:
Recolhem o patronal sobre a folha da própria empresa - correto
Fazem a retenção de INSS sobre a nota e repassam - correto
Retêm o ISS conforme regra do município - correto
Sobre a retenção de INSS (11%), conforme a Lei 8.212/1991:
É apenas retenção e repasse,
Não é despesa da tomadora,
E se aplica em casos como cessão de mão de obra ou empreitada (comum em obras).
Espero ter ajudado.