Olá Viviane, tudo bem?
Como no exemplo foi fixada em contrato uma jornada de 39h semanais, o empregado deixa de ser apenas um “horista eventual” e passa a ser um empregado com jornada contratual definida.
Nessa situação, a empresa assume a obrigação de disponibilizar trabalho nessa carga horária.
Portanto, se em determinada semana ele trabalhar menos que 39h por decisão da empresa (falta de movimento, liberação mais cedo, organização de escala etc.), o salário deve ser pago considerando as 39h semanais, pois o risco da atividade é do empregador.
Já o desconto só é possível quando a redução ocorrer por motivo do empregado, como:
faltas injustificadas
atrasos
saídas antecipadas sem autorização
Porém, é importante observar bem o contrato:
Se não houver jornada fixa e estiver caracterizado apenas como horista variável (sem garantia mínima de horas), aí sim a empresa poderá pagar somente pelas horas efetivamente trabalhadas.
Espero ter ajudado.
