Olá Viviane, tudo bem?
Sim, procede.
O salário-maternidade não pode ser inferior ao salário mínimo.
Como a média dela ficou abaixo do mínimo, a funcionária deve dar entrada diretamente no INSS, que fará o pagamento no valor do salário mínimo.
A empresa apenas informa o afastamento no e-Social.
Espero ter ajudado.