Olá Viviane, tudo bem?
No meu entendimento, nesse caso não é adequado fazer um aditivo prevendo pagamento somente pelas horas do ponto.
Embora o contrato mencione salário por hora, ele também fixa jornada de 39h semanais com horários determinados de entrada e saída. Isso acaba caracterizando uma jornada contratada certa. Assim, se o empregado trabalhar menos por decisão da empresa, o pagamento não pode simplesmente ser reduzido, pois pode ser interpretado como redução salarial.
O mais seguro é manter o pagamento da jornada contratada e controlar as variações por meio de banco de horas: horas a mais viram crédito e saídas antecipadas ou horas a menor são compensadas posteriormente, evitando riscos de diferenças salariais.
Espero ter ajudado.