Olá, bom dia Denner!
Se houve um pagamento a maior de fato, você pode solicitar a restituição através do Per/Dcomp.
Se houve pagamento a menor, e agora está com um débito maior, você deve pagar apenas a diferença. Para gerar a guia nesse caso, você pode ir na consulta de situação cadastral, no próprio E-cac, onde consegue baixar a guia para pagamento.
Espero ter ajudado.