Bom dia, Elvis,
Ótima pergunta e muito pertinente para quem lida com a gestão de notas fiscais de prestadores de serviço.
A situação que você descreveu é exatamente uma das inconsistências que a Nota Técnica SE/CGNFS-e nº 007/2026 veio tratar. O que está acontecendo é que alguns sistemas de emissão pelo portal da prefeitura com integração ao Portal Nacional da NFS-e ainda não foram ajustados para refletir corretamente a separação entre as alíquotas de CSLL, PIS e COFINS no grupo de retenção do tomador.
Sobre o que você deve fazer na prática, a orientação mais adequada depende do seu papel na relação:
Se você é o tomador de serviços e recebe essas notas com os valores de retenção distribuídos de forma incorreta, o ideal é sim entrar em contato com o prestador e solicitar a correção antes de efetuar o pagamento. Isso porque a responsabilidade pela retenção e pelo recolhimento do PCC é do tomador, e os valores precisam estar devidamente segregados para que o DARF seja emitido corretamente por código de receita. Aceitar a nota com os valores errados pode gerar inconsistências no momento do recolhimento e eventuais questionamentos na malha fiscal.
Agora, existe um ponto importante de contexto: a Nota Técnica nº 007/2026 foi publicada justamente porque os sistemas precisam de um prazo para se adequar. Enquanto isso não acontece de forma generalizada, muitos tomadores estão adotando uma postura intermediária, que é aceitar a nota para não travar o fluxo operacional, mas fazendo internamente o ajuste dos valores no lançamento contábil e na emissão do DARF, com base nos percentuais corretos de cada tributo.
O ideal, portanto, é avaliar caso a caso. Se o prestador tem autonomia para cancelar e reemitir a nota com os valores corretos, peça a correção. Se o sistema dele ainda não permite esse ajuste e o serviço já foi prestado, você pode aceitar a nota mas garantir que o recolhimento seja feito com os valores segregados da forma correta, independentemente do que está impresso na NFS-e.
Comunicar claramente essa situação aos seus prestadores também é uma boa prática, para que eles pressionem os desenvolvedores dos seus sistemas a fazerem a atualização o quanto antes.
