@Marcos Faria boa tarde.
Referente as alíquotas de PIS e COFINS:
Sobre as receitas de prestação de serviço de transporte rodoviário coletivo de passageiros, em regra, essa atividade não está entre aquelas obrigadas a apuração pelo regime do Lucro Real. Porém, no caso específico da empresa consultada, há obrigatoriedade de apuração pelo Lucro Real, nos termos do *art. 14, inciso I, da Lei nº 9.718/1998, em razão do volume de receita bruta anual.*
Diante desse enquadramento, em um primeiro momento, poderiamos presumir a aplicação do regime não cumulativo, com incidência das alíquotas de 1,65% para o PIS e 7,6% para a COFINS.
Entretanto, o *art. 10 da Lei nº 10.833/2003* estabelece exceções, listando determinadas receitas que permanecem sujeitas ao *regime cumulativo*, independentemente do regime de apuração do lucro da pessoa jurídica.
*O inciso XII do art. 10, diz que que as receitas decorrentes de prestação de serviços de transporte coletivo rodoviário, metroviário, ferroviário e aquaviário de passageiros permanecem submetidas às regras do regime cumulativo.*
*O art.15 inciso V* afirma que para PIS no regime não cumulativo, também se aplica as mesmas regras.
Assim, ainda que a pessoa jurídica esteja submetida ao *regime não cumulativo* para fins gerais, *as receitas enquadradas nos incisos VII a XXX do art. 10 devem ser segregadas e tributadas pelo regime cumulativo*, exigindo o controle e a apuração da receitas, bem como o correto cumprimento das obrigações acessórias correspondentes.
Dessa forma, considerando o enquadramento específico da atividade de transporte coletivo rodoviário de passageiros, meu entendimento foi que estas receitas estarão sujeitas a incidência das alíquotas de 0,65% para o PIS e 3% para a COFINS, no regime cumulativo, sendo assim 10% aplicado ficaria um total de (0,365%)
Encontrei o ATO DECLARATÓRIO INTERPRETATIVO RFB Nº 27, DE 7 DE OUTUBRO DE 2008 que fala a respeito disso.